มหาวิทยาลัยราชภัฏสกลนครได้ส่งเสริมให้มีการจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา ตั้งแต่ปี พ.ศ.2535 โดยมีโครงการร่วมกันระหว่างมหาวิทยาลัยราชภัฏสกลนครกับมหาวิทยาลัยขอนแก่น สาขาที่เปิดการสอนในขณะนั้นคือ การบริหารการศึกษา ผู้จบการศึกษาจะได้รับปริญญาโทของมหาวิทยาลัยขอนแก่น ส่วนสถานที่เรียน คือ มหาวิทยาลัยราชภัฏสกลนคร ต่อมาเมื่อพระราชบัญญัติสถาบันราชภัฏ พ.ศ.2538 ออกบังคับใช้ มหาวิทยาลัยราชภัฏสกลนคร ก็เริ่มสร้างหลักสูตรครุศาสตรมหาบัณฑิต สาขาการบริหารการศึกษาขึ้นมา และเป็นหนึ่งในหลายสถาบันราชภัฏแรกๆ ที่ได้ผ่านการอนุมัติหลักสูตรจาก กพ. เมื่อ พ.ศ.2541
ปัจจุบันมีหลักสูตรที่เปิดสอนในระดับปริญญาเอก 5 หลักสูตร ระดับปริญญาโท 10 หลักสูตร และระดับประกาศนียบัตรบัณฑิต สาขาวิชาชีพครู